Він дебютував на професіоналі за ФК Твенте в Нідерландах і пробув там три сезони. Після короткого періоду оренди в міланському «Інтері» Арнаутович у червні 2010 року підписав контракт з німецьким «Вердером».
Боббі Гулда Команда в 1992–1993 роках багато хто вважає невстигаючими, фінішувавши 15-м у першому сезоні Прем’єр-ліги, провівши більшу частину сезону на значно вищих позиціях. 19 серпня 1992 року Ндлову увійшов в історію, ставши першим африканським футболістом, який зіграв у новій англійській Прем'єр-лізі.
Єдиний гол у матчі забив Арнаутович, вийшовши на поле у другому таймі. Буде матч-відповідь, за який потрібно грати. Але поки що «Інтер» отримав результат, на який розраховував. Нападник "Інтера" Марко Арнаутович відсвяткував в Instagram перемогу над "Атлетіко" в Лізі чемпіонів.
Зараз Арнаутович готується до участі в ЄВРО-2024 у складі Австрії, хоча він цілком може оголосити про завершення міжнародної кар'єри після завершення цього турніру. «Після Євро я поговорю зі своєю родиною, близькими, а також з тренером. Подивлюся, чи залишиться у мене це бажання.
Інтер виграв європейський требл у сезоні 2009-10, який Арнаутович провів у клубі в оренді. Проте роль самого Арнаутовича в тому тріумфі була мінімальною. Як зізнається сам гравець, за роллю в цій команді він був настільки ж «фанатом», наскільки і гравцем.