Аналіз даних незалежних наукових джерел виявляє тривожну тенденцію: Лагуна де Бей бореться зі збільшенням фекального забруднення, що загрожує порушити його екологічну рівновагу.22 травня 2024 р.
У 2018 році дослідники з Політехнічного університету Філіппін провели опитування щодо мікропластику та виявили, що Лагуна-де-Бей сильно забруднена мікропластиком. У дослідженні взяли участь три (3) барангаї: Напіндан, Сан-Ісідро та Сампірухан.
Тривають зусилля щодо збільшення цієї потужності до 600 мегават. Лагуна-де-Бей також відома розважальною діяльністю. Хоча класифікується лише для безконтактного відпочинку, такого як риболовля, катання на човнах і вітрильний спорт, в деяких громадах озеро використовується для купання. Курорти на березі озера біля гори.
Пляж Лагуна ім Один із найкращих пляжів у США за загальною якістю води.
Лагуна де Бей забив a низький C- у якості води, із великим навантаженням фосфатів і коліформ, і поганим F для стану його рибальства, з великими проблемами з точки зору інвазивних видів, надмірного вилову та зменшення природних джерел їжі.
Через швидку урбанізацію, промисловий розвиток і вирубку лісів на її вододілі Лагуна-де-Бей зазнала стресу осадження, надмірна експлуатація його рибальства та забруднення. Уряд прийняв різні стратегії управління для подолання такого людського впливу.