Ціанобактерії є бактеріями і тому не мають пов’язаних з мембраною органел; багато хто може фіксувати атмосферний азот. Водорості є еукаріотичними і мають клітинні органели. Обидва мають фотосинтетичні системи, подібні до систем судинних рослин.
Цвітіння водоростей буває різних форм і розмірів, і шкідливе цвітіння ціанобактерій може виглядати дуже схоже на нешкідливе цвітіння водоростей. Єдиний спосіб остаточно ідентифікувати цвітіння ціанобактерій або водоростей – через мікроскопічний аналіз клітин в сертифікованій лабораторії.
Нелегко відрізнити зелені і синьо-зелені водорості під світловим мікроскопом. Фікобіліпротеїни (фікобіліни) є основним пігментом, присутнім у синьо-зелених водоростях (ціанобактеріях). Цього унікального пігменту бракує зеленим водоростям.
Цим вони відрізняються від інших бактерій вони містять фотосинтетичні пігменти, подібні до тих, що містяться у водоростях і рослинах. Хоча вони є переважно фотосинтетичними (світлозалежними) організмами, вони також здатні використовувати органічні сполуки як джерело енергії.
Ціанобактерії, раніше відомі як синьо-зелені водорості, є фотосинтезуючі мікроскопічні організми, які технічно є бактеріями. Спочатку їх називали синьо-зеленими водоростями, тому що щільні нарости часто забарвлюють воду в зелений, синьо-зелений або коричнево-зелений колір.