Сонна хвороба і малярія викликаються найпростішими, які є еукаріотичними організмами. Сонну хворобу викликає трипаносома, а малярію — плазмодій. З іншого боку, тиф і холера викликаються бактеріями.
Еукаріотичні мікробні патогени є основними причинами захворювань і смерті в усьому світі. Хоча більшу частину їх впливу можна контролювати за допомогою медикаментозної терапії, як і у випадку з прокаріотичними мікроорганізмами, поява резистентності до ліків поставила під загрозу ці зусилля з лікування.
Найактуальнішими видами шкідливих для людини еукаріотичних мікробів є найпростіші, гриби та гельмінти.
Існує багато патогенних еукаріотичних вірусів, таких як ВІЛ, грип, краснуха, вітряна віспа, цитомегаловірус (ЦМВ) і вірус папіломи людини, які можуть передаватися новонародженому трансплацентарно або вагінально.
Один із прикладів малярія, який викликається Plasmodium, еукаріотичним організмом, який передається через укуси комарів. Малярія є основною причиною захворюваності (хвороби) і смертності (смерті), яка загрожує 3,4 мільярдам людей у всьому світі.