Прокаріоти (домени архей і бактерій) — одноклітинні організми без ядра. Вони мають один фрагмент кільцевої ДНК у нуклеоїдній ділянці клітини. Більшість прокаріотів мають клітинну стінку, яка лежить за межами плазматичної мембрани.
Більшість прокаріотів несуть невелику кількість генетичного матеріалу у формі однієї молекули або хромосоми кільцевої ДНК. ДНК у прокаріотів є міститься в центральній частині клітини, яка називається нуклеоїдом, яка не оточена ядерною мембраною.
Прокаріотична клітина зазвичай має лише одна, згорнута, кільцева хромосома. Однак є кілька прокаріотів, які мають більше ніж одну — Vibrio cholerae, бактерія, що викликає холеру, має дві кільцеві хромосоми.
У системі двох імперій, що випливає з роботи Едуарда Шаттона, прокаріоти були класифіковані в імперії Прокаріоти. Однак у тридоменній системі, на основі молекулярного аналізу, прокаріоти поділяються на два домени: Бактерії (раніше Eubacteria) і археї (раніше Archaebacteria).
До складу прокаріотичних клітин входять бактерії та археї. Їхній генетичний матеріал не зберігається в ядрі, пов’язаному з мембраною. Замість цього він зберігається в нуклеоїді, який плаває в цитоплазмі клітини. Прокаріотичні клітини зазвичай менші, ніж еукаріотичні клітини, з типовим діапазоном розмірів від 0,1 до 5 мкм у діаметрі.