Вони є однофункціональними ферментами, незалежними від метилази. EcoRI і HindIII є два рестриктази, що належать до класу рестриктаз II типу.
Рестрикційна ендонуклеаза EcoR1 розщеплює ДНК Saccharomyces cerevisiae, яка кодує рибосомну РНК (рРНК), на сім фрагментів. Друга рестрикційна ендонуклеаза HindIII, розщеплює ту саму дріжджову рибосомну ДНК на два фрагменти.
HindIII (вимовляється як «Hin D Three») — це сайт-специфічний ензим рестрикції дезоксирибонуклеази II типу, виділений із Haemophilus influenzae, який розщеплює паліндромну послідовність ДНК AAGCTT у присутності кофактора Mg2+ шляхом гідролізу.
HindIII є ендонуклеаза рестрикції, очищена від штаму Escherichia coli, який несе ген HindIII від Haemophilus influenzae Rd. На активність HindIII не впливає метилювання Dam, метилювання Dcm або метилювання CpG. Оптимальна температура реакції – 37 °C.
EcoRI є фермент рестрикції або ендонуклеаза рестрикції. Він розрізає подвійну спіраль ДНК у певному місці. Цей фермент рестрикції вперше був виділений з E. coli. Ці ферменти рестрикції отримали свої назви від організмів, з яких вони були вперше виділені.
Рестрикційна ендонуклеаза HindIII розщеплює ДНК так само, як фермент EcoRI. однак, на відміну від EcoRI, ендонуклеази рестрикції Sa/I та BamHI розщеплюють обидва ланцюги дуплексу ДНК майже одночасно.